El 2005, mediante una resolución ministerial aprobado durante el gobierno de Carlos Mesa (luego elevado a DS N° 24676 en el gobierno de Rodríguez Veltzé ese mismo año) se autoriza por primera vez la producción y comercialización de soya genéticamente modificado resistente al glifosato evento (40-3-2).
A pesar de que la misma Constitución Política del Estado aprobada en el 2009 y varias leyes nacionales prohíbe explícitamente la importación, producción y comercialización de OGM en el país, desde el 2012 prácticamente toda la soya producida en Bolivia es transgénica; sin embargo, la soya transgénica no incrementó los rendimientos por superficie cultivada.
La introducción y uso de OGM fue fomentado tanto por el Gobierno de Evo Morales (DS 3874 para soya evento HB4 e Intacta para producción de biodiesel) como el Gobierno transitorio de Añez (DS 4232 para la evaluación de un número indeterminado de eventos de soya, algodón, caña de azúcar y trigo), beneficiando al sector agroindustrial exportador.
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